Одной из особенностей пакета ulem является переопределение \emph так, чтобы оно использовало \uline, поэтому (как это, по-видимому, вам уже понятно) именно поэтому вы получаете подчеркивание в библиографии, где текст было подчеркнуто ранее.
В документации для пакета ulem отмечается, что добавление опции [normalem] при загрузке пакета ulem означает, что \uline определено, но \emph не переопределено. Я не знаю, будет ли это приемлемым решением для вас - то есть, действительно ли вы хотите, чтобы \emph было подчеркнуто в остальной части документа?
В качестве альтернативы, если вы хотите, чтобы \emph вернулся только к своему первоначальному определению для библиографии, вы можете попробовать (снова ulem docs), дав команду \normalem перед загрузкой библиографии. Однако то, как загружается библиография, иногда может неожиданно затруднить ее форматирование (как вы обнаружили, когда пытаетесь переопределить \uline).
Если эти мысли не решают проблемы, попробуйте опубликовать « минимальный рабочий пример ». Вам также может быть лучше посмотреть или, возможно, опубликовать в TeX stackexchange .