Первая и, возможно, главная разница - это стоимость. Вы можете установить оба на Linux-машину, и я предполагаю, что EC2 способен разместить оба (но не знаю это точно). Тем не менее, вы должны платить за каждый экземпляр FMS, возможно, выбрав неправильный вариант для EC2, когда экземпляры увеличиваются и уменьшаются в любое время.
Red5 не кажется полностью совместимым с FMS. Например, прямо сейчас я оцениваю оба и один и тот же видеоплеер, который работает гладко с FMS, не позволит мне контролировать панель поиска, если видео подается с red5. Тем не менее, я ожидаю, что это может быть решено.
В FMS есть дополнительные функции для обеспечения безопасности (проверки) SWV, которые также могут быть полезны.
Если бы я был вами, я бы сначала попытался сделать это с Red5 и переключиться на FMS, если вы не можете заставить его работать.