Невозможно импортировать пакет Python в Jupyter - PullRequest
Новая
       22

Невозможно импортировать пакет Python в Jupyter

0 голосов
/ 10 января 2019

У меня следующая проблема. Я установил rpy2 через conda install rpy2 в моем virtualenv. Теперь я могу импортировать этот пакет в терминал, если я запускаю 

>>> python
>>> import rpy2

Однако, если я пытаюсь импортировать rpy2 в блокнот jupyter, я получаю сообщение об ошибке ModuleNotFoundError: No module named 'rpy2'. Если я запускаю следующий код 

import sys
print(sys.prefix)

Я получаю /anaconda3. Также, если я делаю то же самое через терминал: python->import sys -> print(sys.prefix) Я получаю /anaconda3/envs/work_python36. Если я запускаю which python в терминале, я получаю: /anaconda3/envs/work_python36/bin/python. Я пытался изменить PYTHONPATH с помощью экспорта, но это не сработало. Если кто-нибудь знает, как решить эту проблему, скажите, пожалуйста.

Я также напечатал следующее conda info -a

active environment : work_python36
active env location : /anaconda3/envs/work_python36
        shell level : 1
   user config file : /Users/alex/.condarc
populated config files : 
      conda version : 4.5.12
conda-build version : 3.10.5
     python version : 3.6.5.final.0
   base environment : /anaconda3  (writable)
       channel URLs : https://repo.anaconda.com/pkgs/main/osx-64
                      https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
                      https://repo.anaconda.com/pkgs/free/osx-64
                      https://repo.anaconda.com/pkgs/free/noarch
                      https://repo.anaconda.com/pkgs/r/osx-64
                      https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
                      https://repo.anaconda.com/pkgs/pro/osx-64
                      https://repo.anaconda.com/pkgs/pro/noarch
      package cache : /anaconda3/pkgs
                      /Users/alex/.conda/pkgs
   envs directories : /anaconda3/envs
                      /Users/alex/.conda/envs
           platform : osx-64
         user-agent : conda/4.5.12 requests/2.19.1 CPython/3.6.5 Darwin/18.2.0 OSX/10.14.2
            UID:GID : 501:20
         netrc file : None
       offline mode : False

# conda environments:
#
base                     /anaconda3
work_python36         *  /anaconda3/envs/work_python36

sys.version: 3.6.5 |Anaconda, Inc.| (default, Apr 26 ...
sys.prefix: /anaconda3
sys.executable: /anaconda3/bin/python
conda location: /anaconda3/lib/python3.6/site-packages/conda
conda-build: /anaconda3/bin/conda-build
conda-convert: /anaconda3/bin/conda-convert
conda-develop: /anaconda3/bin/conda-develop
conda-env: /anaconda3/bin/conda-env
conda-index: /anaconda3/bin/conda-index
conda-inspect: /anaconda3/bin/conda-inspect
conda-metapackage: /anaconda3/bin/conda-metapackage
conda-render: /anaconda3/bin/conda-render
conda-server: /anaconda3/bin/conda-server
conda-skeleton: /anaconda3/bin/conda-skeleton
conda-verify: /anaconda3/bin/conda-verify
user site dirs: 

CIO_TEST: <not set>
CONDA_BACKUP_HOST: x86_64-apple-darwin13.4.0
CONDA_BUILD_SYSROOT: 
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.14.sdk
CONDA_DEFAULT_ENV: work_python36
CONDA_EXE: /anaconda3/bin/conda
CONDA_PREFIX: /anaconda3/envs/work_python36
CONDA_PROMPT_MODIFIER: (work_python36) 
CONDA_PYTHON_EXE: /anaconda3/bin/python
CONDA_ROOT: /anaconda3
CONDA_SHLVL: 1
PATH: /anaconda3/bin:/anaconda3/envs/work_python36/bin:/anaconda3/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/Library/TeX/texbin
PYTHONPATH: :~/anaconda3/envs/work_python36
REQUESTS_CA_BUNDLE: <not set>
SSL_CERT_FILE: <not set>
WARNING: could not import _license.show_info
# try:
# $ conda install -n root _license

1 Ответ

0 голосов
/ 11 января 2019

Убедитесь, что вы используете точно такую ​​же виртуальную среду при создании нового ноутбука в Jupyter.

Чтобы включить виртуальную среду в качестве ядра в Jupyter, выполните следующие команды - 

$ python -m venv projectname
$ source projectname/bin/activate
(venv) $ pip install ipykernel
(venv) $ ipython kernel install --user --name=projectname
pip install rpy2

Это приведет к созданию нового ядра -

enter image description here

Теперь пакет также будет доступен в блокноте Jupyter с ядром projectname .

...