ошибка в rpy2 при использовании алгоритма ассоциации на основе классификации (cba) - PullRequest
Новая
       7

ошибка в rpy2 при использовании алгоритма ассоциации на основе классификации (cba)

0 голосов
/ 03 ноября 2018

я пытаюсь сделать классификацию с использованием алгоритма cba в rpy2 но я нашел эту ошибку:

Traceback (последний последний вызов):

Файл "", строка 1, в runfile ('D: /dm.py', wdir = 'D:')

Файл "C: \ ProgramData \ Anaconda2 \ lib \ site-packages \ spyder \ utils \ site \ sitecustomize.py", строка 880, в runfile execfile (имя файла, пространство имен)

Файл "C: \ ProgramData \ Anaconda2 \ lib \ site-packages \ spyder \ utils \ site \ sitecustomize.py", строка 87, в execfile exec (compile (scripttext, filename, 'exec'), glob, loc)

Файл "D: /dm.py", строка 104, в c_p = class_pred.pred_class_on_test (c, dtest)

Файл "C: \ ProgramData \ Anaconda2 \ lib \ site-packages \ rpy2 \ robjects \ functions.py", строка 178, в вызов возврат супер (SignatureTranslatedFunction, self). вызов (* args, ** kwargs)

Файл "C: \ ProgramData \ Anaconda2 \ lib \ site-packages \ rpy2 \ robjects \ functions.py", строка 106, в вызов res = super (функция, self). call (* new_args, ** new_kwargs)

RRuntimeError: Ошибка в .local (x, ...): Все метки элементов в x должны быть указаны в itemLabels или match.

код: 

import os
os.environ['R_HOME'] = 'C:/Program Files/R/R-3.5.1'
os.environ['R_USER'] = 'C:/ProgramData/Anaconda2/Lib/site-packages/rpy2'


import rpy2.robjects as rr
#to import any r backage
from rpy2.robjects.packages import importr
# to call any r user defiend function  from pythn string
from rpy2.robjects.packages import SignatureTranslatedAnonymousPackage as stap
# to convert to / from python/r dataframe
from rpy2.robjects import pandas2ri
pandas2ri.activate()

base = importr('base')

# read data set python
from sklearn.cross_validation import train_test_split 
import pandas as pd 
data= pd.read_csv("C://Users//El-Amir Tech//Desktop//tumor.csv")

print(data.info())

data=data.astype(str)

train,test=train_test_split(data, test_size=0.2, random_state=20)





# to convert python data frame to r data frame
dd=pandas2ri.py2ri(train)
dtest=pandas2ri.py2ri(test)

# data minin association rule function from r
rs=importr('arules')
clas=importr('arulesCBA')
rstring=""" 
 # generate rules

ruless <- function (d){

da<- as.data.frame(d)

trans <- as(da, "transactions")

# to get rhs=outcome only
incom <- grep("^Class=",itemLabels(trans), value=TRUE)

rules <- apriori(trans, parameter = list(supp = 0.01, conf = 0.8,minlen=2, target = "rules"),appearance=list(rhs=incom))
return (rules)
}

# convert rules to data frame

rule2dataframe<-function(r){
n<-DATAFRAME(r,separate=TRUE)
return (n)
}
# apply cba classifier

classf <- function (rs){
c1<- CBA_ruleset(Class~ ., rs)
return (c1)
}


pred_class_on_test <- function(classifir,dtest) {
d<- as.data.frame(dtest)
results <- predict(classifir, d)

return(results)}

"""
# call r function using stap
rule= stap(rstring,"ruless")
m=rule.ruless(dd)

r2d=stap(rstring,"rule2dataframe")
r=r2d.rule2dataframe(m)

## convert rules r dataframe to pandas dataframe
rules=pandas2ri.ri2py_dataframe(r)
print (rules)

classs=stap(rstring,"classf")
c=classs.classf(m)
print c

class_pred=stap(rstring,"pred_class_on_test")

c_p=class_pred.pred_class_on_test(c, dtest)
print c_p

так как я могу исправить эту ошибку? ссылка на набор данных:

...