Что вам нужно посмотреть, так это пользовательская функция потерь:
def only_A_mean_squared(y_true, y_pred):
return keras.losses.mean_squared_error(y_true[:,0], y_pred[:,0])
И чтобы его использовать:
model.compile(loss=only_A_mean_squared, optimizer='adam')
То, что я делаю в вышеописанном, - это создание пользовательской функции потерь, которая берет только первое измерение («A») и передает его в нормальную керасную среднеквадратичную функцию потери ошибок.