Вы не можете сделать это с iOS, если приложение не работает в фоновом режиме. Даже если ваше приложение работает в фоновом режиме после того, как Appstore обновит его, оно будет убито, и вы не сможете контролировать его, пока пользователь не запустит его в первый раз.
Возможно, вы могли бы попытаться отправить молчаливое push-уведомление приложению, чтобы увидеть, отвечает ли оно, и попытаться получить текущую версию приложения.