Похоже, в среде есть команда, которая создает экземпляры mootools, и несколько других команд для загрузки скриптов в DOM:
JHTML::_('behavior.mootools');
$doc = JFactory::getDocument()
$doc->addScript($scriptURL);
или ярлык (из документов API):
JHTML::script(string $filename, [boolean $path = 'media/system/js/'], [ $mootools = true])
Дело в том, что Joomla1.5 использует более старую версию MooTools (1.1), и следующая версия, которая будет выпущена, - 2.0, так что она довольно далеко позади.
Есть несколько интересных встроенных функций с классом JHTML, но я предпочитаю использовать JQuery для большинства всего на этом этапе - поскольку обновление MooTools фактически нарушит многие функции в Joomla, а jQuery гораздо более легковесен.