Приложение R в Docker-контейнере: невозможно загрузить отчет в формате PDF (ошибка: такого файла или каталога нет) Knitr / Rmarkdown - PullRequest
Новая
       7

Приложение R в Docker-контейнере: невозможно загрузить отчет в формате PDF (ошибка: такого файла или каталога нет) Knitr / Rmarkdown

0 голосов
/ 04 ноября 2018

Я собираю докер-контейнер для приложения R и постоянно сталкиваюсь с ошибкой при загрузке отчета в формате PDF. Функция отчета в формате PDF отлично работает в R на локальном компьютере, но при контейнере выдает ошибку ниже. Я попытался принудительно установить определенные пакеты, а именно Knitr и Rmarkdown, как уже упоминалось в других вопросах, однако эта ошибка все еще отображается. Файл в загрузках Chrome просто говорит «Ошибка - проблема с сервером». Я протестировал загрузку CSV-файла с помощью приложения, которое работает нормально, поэтому считаю, что проблема заключается в создании и загрузке отчета в формате PDF с уценкой.

Я включил сборку Dockerfile, чтобы помочь. Любые предложения будут удивительными!

Спасибо!

DOCKERFILE: 

FROM openanalytics/r-base

MAINTAINER ________

# system libraries of general use
RUN apt-get update && apt-get install -y \
    sudo \
    pandoc \
    pandoc-citeproc \
    libcurl4-gnutls-dev \
    libcairo2-dev \
    libxt-dev \
    libssl-dev \
    libssh2-1-dev \
    libxml2-dev \
    libssl1.0.0 \
    libpq-dev \
    git \
    texlive-full \
    html-xml-utils \
    libv8-3.14-dev

# system library dependency for the app

RUN apt-get update

# install packages for R

RUN R -e "install.packages(c('hms','devtools'), repos='https://cloud.r- 
project.org/')"

RUN R -e "require(devtools)"

RUN R -e "install.packages(c('car'), repos='https://cloud.r-project.org/')"

RUN R -e "devtools::install_version('readxl', version = '1.0.0', 
repos='https://cloud.r-project.org/')"
RUN R -e "devtools::install_version('DT', version = '0.2', 
repos='https://cloud.r-project.org/')"
RUN R -e "devtools::install_version('shinydashboard', version = '0.6.1', 
repos='https://cloud.r-project.org/')"
RUN R -e "devtools::install_version('knitr', version = '1.18', 
repos='https://cloud.r-project.org/')"
RUN R -e "devtools::install_version('magrittr', version = '1.5', 
repos='https://cloud.r-project.org/')"
RUN R -e "devtools::install_version('ggrepel', version = '0.7.0', 
repos='https://cloud.r-project.org/')"
RUN R -e "devtools::install_version('dplyr', version = '0.7.4', 
repos='https://cloud.r-project.org/')"
RUN R -e "devtools::install_version('Rcpp', version = '0.12.14', 
repos='https://cloud.r-project.org/')"
RUN R -e "devtools::install_version('rhandsontable', version = '0.3.4', 
repos='https://cloud.r-project.org/')"
RUN R -e "devtools::install_version('shinyjs', version = '0.9.1', 
repos='https://cloud.r-project.org/')"
RUN R -e "devtools::install_version('V8', version = '1.5', 
repos='https://cloud.r-project.org/')"
RUN R -e "devtools::install_version('data.table', version = '1.10.4-3', 
repos='https://cloud.r-project.org/')"
RUN R -e "devtools::install_version('packrat', version = '0.4.8-1', 
repos='https://cloud.r-project.org/')"
RUN R -e "devtools::install_version('zoo', version = '1.8-1', 
repos='https://cloud.r-project.org/')"
RUN R -e "install.packages('shiny', repos='https://cloud.r-project.org/')"
RUN wget https://github.com/rstudio/rmarkdown/archive/v1.8.tar.gz
RUN R CMD INSTALL v1.8.tar.gz
RUN R -e "install.packages('xml2', repos='https://cloud.r-project.org/')"
RUN R -e "install.packages('rvest', repos='https://cloud.r-project.org/')"
RUN wget https://cran.r- 
project.org/src/contrib/Archive/kableExtra/kableExtra_0.3.0.tar.gz
RUN R CMD INSTALL kableExtra_0.3.0.tar.gz

# copy the app to the image
RUN mkdir /root/tsk
COPY tsk /root/tsk

COPY Rprofile.site /usr/lib/R/etc/

EXPOSE 3838

CMD ["R", "-e", "shiny::runApp('/root/tsk')"]

ОШИБКА ОТ ДОКЕРА: 

Listening on http://0.0.0.0:3838
Warning in normalizePath(path, winslash = winslash, mustWork = mustWork) :
  path[1]="/tmp/RtmpMu8ezy/TSK.Rmd": No such file or directory
Warning: Error in tools::file_path_as_absolute: file '/tmp/RtmpMu8ezy/TSK.Rmd' 
does not exist
  [No stack trace available]
Warning in normalizePath(path, winslash = winslash, mustWork = mustWork) :
  path[1]="/tmp/RtmpMu8ezy/TSK.Rmd": No such file or directory
Warning: Error in tools::file_path_as_absolute: file '/tmp/RtmpMu8ezy/TSK.Rmd' 
does not exist
  [No stack trace available]
Warning in normalizePath(path, winslash = winslash, mustWork = mustWork) :
  path[1]="/tmp/RtmpMu8ezy/TSK.Rmd": No such file or directory
Warning: Error in tools::file_path_as_absolute: file '/tmp/RtmpMu8ezy/TSK.Rmd' 
does not exist
  [No stack trace available]

1 Ответ

0 голосов
/ 05 ноября 2018

Простое изменение имени файла CASE с tsk.Rmd на TSK.Rmd - причина этого заключается в том, что тестирование всегда проводилось на OSX в среде IDE, которая не выдает никаких ошибок, однако при создании контейнера с Ubuntu, который чувствителен к регистру, не удалось найти файл уценки.

При сборке с разными операционными системами, обязательно проверьте, чувствительна ли система к регистру! Легкая ошибка!

...