DDD ничего не указывает о MVC. Вы можете использовать любую архитектуру, какую захотите, если будете следовать инструкциям.
Что касается возможного использования MVC с DDD, контроллеры должны выступать в качестве уровня представления (фактически все M, V и C должны находиться на уровне представления). Это означает, что они должны вызвать службу приложения, которая загружает агрегат, отправить ему команду и затем сохранить изменения, все в виде транзакции.