различия в результатах функции выживания для трех групп лечения

Question

(Перейти к нижней части для обновления и нового кода и данных)

Я пытаюсь построить кривую выживания с данными интервального цензора. Я смог успешно построить кривую выживания, используя данные цензора интервала (показанные ниже), хотя я не уверен, правильно ли я закодировал события, например, должен ли я даже использовать 1?

Вот код, который я использовал для создания кривой выживания.

simafit <- survfit(Surv(Time1, Time2, Event, type = c('interval')) ~ 
Treatment, data = sima)

ggsurvplot(simafit, conf.int = TRUE, 
legend.labs=c("Control","Drought","Water+"), ggtheme = theme_bw(), 
legend.title = "Treatment", title ="Sidalcea malviflora", palette = 
c("gray47","orangered","deepskyblue"),xlim=c(0,838), ylim=c(0,1), xlab="Days 
Since Planting")+scale_x_continuous(expand = c(0, 0)) + 
scale_y_continuous(expand = c(0, 0))

Далее я пытаюсь использовать функцию survreg для проверки различий между процедурами и получения значений p.

Вот мой код:

survreg(Surv(Time1d, Time2d, Event, type = c('interval')) ~ Treatment,
        dist="weibull", data = sima)

но я получаю сообщение об ошибке:

    Error in survreg(Surv(Time1d, Time2d, Event, type = c("interval")) ~ Treatment,  : 
Invalid survival times for this distribution

Изначально я пытался использовать Time1 и Time2, но потом прочитал, что 0 не работают в функции, поэтому я сделал дополнительную копию для проверки. Я пытался представить данные разными способами, но я не могу найти какие-либо, которые работают с survreg, но этот формат хорошо работал с ggsurvplot, но, возможно, формат должен отличаться для двух функций?

Буду признателен за любую помощь, спасибо заранее.

Вот данные:

    Plot ID Subplot Treatment   Column  Row Species Time1   Time2   Event   Time1d  Time2d
    PS1 1   shelter A   7   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PS1 2   shelter C   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PS1 3   shelter D   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PS2 1   shelter A   7   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PS2 2   shelter C   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PS2 3   shelter D   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PS3 1   shelter A   7   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PS3 2   shelter C   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PS3 3   shelter D   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PS4 1   shelter A   7   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PS4 2   shelter C   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PS4 3   shelter D   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PS5 1   shelter A   7   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PS5 2   shelter C   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PS5 3   shelter D   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PC1 1   control A   7   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PC1 2   control C   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PC1 3   control D   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PC2 1   control A   7   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PC2 2   control C   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PC2 3   control D   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PC3 1   control A   7   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PC3 2   control C   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PC3 3   control D   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PC4 1   control A   7   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PC4 2   control C   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PC4 3   control D   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PC5 1   control A   7   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PC5 2   control C   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PC5 3   control D   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PW1 1   watered A   7   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PW1 2   watered C   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PW1 3   watered D   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PW2 1   watered A   7   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PW2 2   watered C   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PW2 3   watered D   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PW3 1   watered A   7   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PW3 2   watered C   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PW3 3   watered D   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PW4 1   watered A   7   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PW4 2   watered C   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PW4 3   watered D   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PW5 1   watered A   7   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PW5 2   watered C   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PW5 3   watered D   2   SIMA    Inf 0   0   1   1
    PS1 1   shelter A   7   SIMA    0   26  0   1   26
    PS1 2   shelter C   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PS1 3   shelter D   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PS2 1   shelter A   7   SIMA    0   26  0   1   26
    PS2 2   shelter C   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PS2 3   shelter D   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PS3 1   shelter A   7   SIMA    0   26  0   1   26
    PS3 2   shelter C   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PS3 3   shelter D   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PS4 1   shelter A   7   SIMA    0   26  0   1   26
    PS4 2   shelter C   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PS4 3   shelter D   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PS5 1   shelter A   7   SIMA    0   26  0   1   26
    PS5 2   shelter C   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PS5 3   shelter D   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PC1 1   control A   7   SIMA    0   26  0   1   26
    PC1 2   control C   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PC1 3   control D   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PC2 1   control A   7   SIMA    0   26  0   1   26
    PC2 2   control C   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PC2 3   control D   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PC3 1   control A   7   SIMA    0   26  0   1   26
    PC3 2   control C   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PC3 3   control D   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PC4 1   control A   7   SIMA    0   26  0   1   26
    PC4 2   control C   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PC4 3   control D   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PC5 1   control A   7   SIMA    0   26  1   1   26
    PC5 2   control C   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PC5 3   control D   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PW1 1   watered A   7   SIMA    0   26  0   1   26
    PW1 2   watered C   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PW1 3   watered D   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PW2 1   watered A   7   SIMA    0   26  0   1   26
    PW2 2   watered C   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PW2 3   watered D   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PW3 1   watered A   7   SIMA    0   26  0   1   26
    PW3 2   watered C   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PW3 3   watered D   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PW4 1   watered A   7   SIMA    0   26  0   1   26
    PW4 2   watered C   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PW4 3   watered D   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PW5 1   watered A   7   SIMA    0   26  0   1   26
    PW5 2   watered C   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PW5 3   watered D   2   SIMA    0   26  0   1   26
    PS1 1   shelter A   7   SIMA    26  92  0   26  92
    PS1 2   shelter C   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PS1 3   shelter D   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PS2 1   shelter A   7   SIMA    26  92  0   26  92
    PS2 2   shelter C   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PS2 3   shelter D   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PS3 1   shelter A   7   SIMA    26  92  0   26  92
    PS3 2   shelter C   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PS3 3   shelter D   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PS4 1   shelter A   7   SIMA    26  92  0   26  92
    PS4 2   shelter C   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PS4 3   shelter D   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PS5 1   shelter A   7   SIMA    26  92  0   26  92
    PS5 2   shelter C   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PS5 3   shelter D   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PC1 1   control A   7   SIMA    26  92  0   26  92
    PC1 2   control C   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PC1 3   control D   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PC2 1   control A   7   SIMA    26  92  0   26  92
    PC2 2   control C   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PC2 3   control D   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PC3 1   control A   7   SIMA    26  92  0   26  92
    PC3 2   control C   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PC4 1   control A   7   SIMA    26  92  0   26  92
    PC4 2   control C   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PC4 3   control D   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PC5 1   control A   7   SIMA    26  92  3   26  92
    PC5 2   control C   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PC5 3   control D   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PW1 1   watered A   7   SIMA    26  92  0   26  92
    PW1 2   watered C   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PW1 3   watered D   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PW2 1   watered A   7   SIMA    26  92  0   26  92
    PW2 2   watered C   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PW2 3   watered D   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PW3 1   watered A   7   SIMA    26  92  0   26  92
    PW3 2   watered C   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PW3 3   watered D   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PW4 1   watered A   7   SIMA    26  92  0   26  92
    PW4 2   watered C   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PW4 3   watered D   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PW5 1   watered A   7   SIMA    26  92  0   26  92
    PW5 2   watered C   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PW5 3   watered D   2   SIMA    26  92  0   26  92
    PS1 1   shelter A   7   SIMA    92  120 0   92  120
    PS1 2   shelter C   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PS1 3   shelter D   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PS2 1   shelter A   7   SIMA    92  120 0   92  120
    PS2 2   shelter C   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PS2 3   shelter D   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PS3 1   shelter A   7   SIMA    92  120 0   92  120
    PS3 2   shelter C   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PS3 3   shelter D   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PS4 1   shelter A   7   SIMA    92  120 0   92  120
    PS4 2   shelter C   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PS4 3   shelter D   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PS5 1   shelter A   7   SIMA    92  120 0   92  120
    PS5 2   shelter C   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PS5 3   shelter D   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PC1 1   control A   7   SIMA    92  120 0   92  120
    PC1 2   control C   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PC1 3   control D   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PC2 1   control A   7   SIMA    92  120 0   92  120
    PC2 2   control C   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PC2 3   control D   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PC3 1   control A   7   SIMA    92  120 0   92  120
    PC3 2   control C   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PC3 3   control D   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PC4 1   control A   7   SIMA    92  120 0   92  120
    PC4 2   control C   2   SIMA    92  120 1   92  120
    PC4 3   control D   2   SIMA    92  120 1   92  120
    PC5 1   control A   7   SIMA    92  120 2   92  120
    PC5 2   control C   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PC5 3   control D   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PW1 1   watered A   7   SIMA    92  120 0   92  120
    PW1 2   watered C   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PW1 3   watered D   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PW2 1   watered A   7   SIMA    92  120 0   92  120
    PW2 2   watered C   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PW2 3   watered D   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PW3 1   watered A   7   SIMA    92  120 0   92  120
    PW3 2   watered C   2   SIMA    92  120 1   92  120
    PW3 3   watered D   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PW4 1   watered A   7   SIMA    92  120 1   92  120
    PW4 2   watered C   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PW4 3   watered D   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PW5 1   watered A   7   SIMA    92  120 0   92  120
    PW5 2   watered C   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PW5 3   watered D   2   SIMA    92  120 0   92  120
    PS1 1   shelter A   7   SIMA    120 152 0   120 152
    PS1 2   shelter C   2   SIMA    120 152 0   120 152
    PS1 3   shelter D   2   SIMA    120 152 0   120 152
    PS2 1   shelter A   7   SIMA    120 152 0   120 152
    PS2 2   shelter C   2   SIMA    120 152 0   120 152
    PS2 3   shelter D   2   SIMA    120 152 0   120 152
    PS3 1   shelter A   7   SIMA    120 152 0   120 152
    PS3 2   shelter C   2   SIMA    120 152 1   120 152
    PS3 3   shelter D   2   SIMA    120 152 0   120 152
    PS4 1   shelter A   7   SIMA    120 152 0   120 152
    PS4 2   shelter C   2   SIMA    120 152 0   120 152
    PS4 3   shelter D   2   SIMA    120 152 0   120 152
    PS5 1   shelter A   7   SIMA    120 152 1   120 152
    PS5 2   shelter C   2   SIMA    120 152 0   120 152
    PS5 3   shelter D   2   SIMA    120 152 0   120 152
    PC1 1   control A   7   SIMA    120 152 0   120 152
    PC1 2   control C   2   SIMA    120 152 0   120 152
    PC1 3   control D   2   SIMA    120 152 0   120 152
    PC2 1   control A   7   SIMA    120 152 0   120 152
    PC2 2   control C   2   SIMA    120 152 0   120 152
    PC2 3   control D   2   SIMA    120 152 0   120 152
    PC3 1   control A   7   SIMA    120 152 1   120 152
    PC3 2   control C   2   SIMA    120 152 1   120 152
    PC3 3   control D   2   SIMA    120 152 1   120 152
    PC4 1   control A   7   SIMA    120 152 1   120 152
    PC4 2   control C   2   SIMA    120 152 3   120 152
    PC4 3   control D   2   SIMA    120 152 3   120 152
    PC5 1   control A   7   SIMA    120 152 2   120 152
    PC5 2   control C   2   SIMA    120 152 1   120 152
    PC5 3   control D   2   SIMA    120 152 0   120 152
    PW1 1   watered A   7   SIMA    120 152 0   120 152
    PW1 2   watered C   2   SIMA    120 152 0   120 152
    PW1 3   watered D   2   SIMA    120 152 0   120 152
    PW2 1   watered A   7   SIMA    120 152 0   120 152
    PW2 2   watered C   2   SIMA    120 152 0   120 152
    PW2 3   watered D   2   SIMA    120 152 0   120 152
    PW3 1   watered A   7   SIMA    120 152 1   120 152
    PW3 2   watered C   2   SIMA    120 152 3   120 152
    PW3 3   watered D   2   SIMA    120 152 1   120 152
    PW4 1   watered A   7   SIMA    120 152 3   120 152
    PW4 2   watered C   2   SIMA    120 152 0   120 152
    PW4 3   watered D   2   SIMA    120 152 1   120 152
    PW5 1   watered A   7   SIMA    120 152 0   120 152
    PW5 2   watered C   2   SIMA    120 152 0   120 152
    PW5 3   watered D   2   SIMA    120 152 0   120 152
    PS1 1   shelter A   7   SIMA    152 535 0   152 535
    PS1 2   shelter C   2   SIMA    152 535 0   152 535
    PS1 3   shelter D   2   SIMA    152 535 0   152 535
    PS2 1   shelter A   7   SIMA    152 535 0   152 535
    PS2 2   shelter C   2   SIMA    152 535 0   152 535
    PS2 3   shelter D   2   SIMA    152 535 0   152 535
    PS3 1   shelter A   7   SIMA    152 535 0   152 535
    PS3 2   shelter C   2   SIMA    152 535 3   152 535
    PS3 3   shelter D   2   SIMA    152 535 0   152 535
    PS4 1   shelter A   7   SIMA    152 535 0   152 535
    PS4 2   shelter C   2   SIMA    152 535 1   152 535
    PS4 3   shelter D   2   SIMA    152 535 0   152 535
    PS5 1   shelter A   7   SIMA    152 535 0   152 535
    PS5 2   shelter C   2   SIMA    152 535 1   152 535
    PS5 3   shelter D   2   SIMA    152 535 1   152 535
    PC1 1   control A   7   SIMA    152 535 1   152 535
    PC1 2   control C   2   SIMA    152 535 0   152 535
    PC1 3   control D   2   SIMA    152 535 1   152 535
    PC2 1   control A   7   SIMA    152 535 0   152 535
    PC2 2   control C   2   SIMA    152 535 0   152 535
    PC2 3   control D   2   SIMA    152 535 1   152 535
    PC3 1   control A   7   SIMA    152 535 3   152 535
    PC3 2   control C   2   SIMA    152 535 0   152 535
    PC3 3   control D   2   SIMA    152 535 0   152 535
    PC4 1   control A   7   SIMA    152 535 3   152 535
    PC4 2   control C   2   SIMA    152 535 2   152 535
    PC4 3   control D   2   SIMA    152 535 2   152 535
    PC5 1   control A   7   SIMA    152 535 2   152 535
    PC5 2   control C   2   SIMA    152 535 3   152 535
    PC5 3   control D   2   SIMA    152 535 0   152 535
    PW1 1   watered A   7   SIMA    152 535 0   152 535
    PW1 2   watered C   2   SIMA    152 535 0   152 535
    PW1 3   watered D   2   SIMA    152 535 0   152 535
    PW2 1   watered A   7   SIMA    152 535 0   152 535
    PW2 2   watered C   2   SIMA    152 535 0   152 535
    PW2 3   watered D   2   SIMA    152 535 0   152 535
    PW3 1   watered A   7   SIMA    152 535 3   152 535
    PW3 2   watered C   2   SIMA    152 535 2   152 535
    PW3 3   watered D   2   SIMA    152 535 3   152 535
    PW4 1   watered A   7   SIMA    152 535 2   152 535
    PW4 2   watered C   2   SIMA    152 535 0   152 535
    PW4 3   watered D   2   SIMA    152 535 3   152 535
    PW5 1   watered A   7   SIMA    152 535 0   152 535
    PW5 2   watered C   2   SIMA    152 535 1   152 535
    PW5 3   watered D   2   SIMA    152 535 0   152 535
    PS1 1   shelter A   7   SIMA    535 829 0   535 829
    PS1 2   shelter C   2   SIMA    535 829 1   535 829
    PS1 3   shelter D   2   SIMA    535 829 0   535 829
    PS2 1   shelter A   7   SIMA    535 829 0   535 829
    PS2 2   shelter C   2   SIMA    535 829 0   535 829
    PS2 3   shelter D   2   SIMA    535 829 0   535 829
    PS3 1   shelter A   7   SIMA    535 829 0   535 829
    PS3 2   shelter C   2   SIMA    535 829 0   535 829
    PS3 3   shelter D   2   SIMA    535 829 0   535 829
    PS4 1   shelter A   7   SIMA    535 829 0   535 829
    PS4 2   shelter C   2   SIMA    535 829 3   535 829
    PS4 3   shelter D   2   SIMA    535 829 0   535 829
    PS5 1   shelter A   7   SIMA    535 829 0   535 829
    PS5 2   shelter C   2   SIMA    535 829 0   535 829
    PS5 3   shelter D   2   SIMA    535 829 0   535 829
    PC1 1   control A   7   SIMA    535 829 3   535 829
    PC1 2   control C   2   SIMA    535 829 0   535 829
    PC1 3   control D   2   SIMA    535 829 3   535 829
    PC2 1   control A   7   SIMA    535 829 0   535 829
    PC2 2   control C   2   SIMA    535 829 1   535 829
    PC2 3   control D   2   SIMA    535 829 3   535 829
    PC3 1   control A   7   SIMA    535 829 2   535 829
    PC3 2   control C   2   SIMA    535 829 0   535 829
    PC3 3   control D   2   SIMA    535 829 0   535 829
    PC4 1   control A   7   SIMA    535 829 2   535 829
    PC4 2   control C   2   SIMA    535 829 2   535 829
    PC4 3   control D   2   SIMA    535 829 2   535 829
    PC5 1   control A   7   SIMA    535 829 2   535 829
    PC5 2   control C   2   SIMA    535 829 2   535 829
    PC5 3   control D   2   SIMA    535 829 1   535 829
    PW1 1   watered A   7   SIMA    535 829 1   535 829
    PW1 2   watered C   2   SIMA    535 829 0   535 829
    PW1 3   watered D   2   SIMA    535 829 0   535 829
    PW2 1   watered A   7   SIMA    535 829 0   535 829
    PW2 2   watered C   2   SIMA    535 829 0   535 829
    PW2 3   watered D   2   SIMA    535 829 1   535 829
    PW3 1   watered A   7   SIMA    535 829 0   535 829
    PW3 2   watered C   2   SIMA    535 829 2   535 829
    PW3 3   watered D   2   SIMA    535 829 0   535 829
    PW4 1   watered A   7   SIMA    535 829 2   535 829
    PW4 2   watered C   2   SIMA    535 829 1   535 829
    PW4 3   watered D   2   SIMA    535 829 2   535 829
    PW5 1   watered A   7   SIMA    535 829 1   535 829
    PW5 2   watered C   2   SIMA    535 829 0   535 829
    PW5 3   watered D   2   SIMA    535 829 0   535 829
    PS1 1   shelter A   7   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PS1 2   shelter C   2   SIMA    829 Inf 3   829 Inf
    PS1 3   shelter D   2   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PS2 1   shelter A   7   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PS2 2   shelter C   2   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PS2 3   shelter D   2   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PS3 1   shelter A   7   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PS3 2   shelter C   2   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PS3 3   shelter D   2   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PS4 1   shelter A   7   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PS4 2   shelter C   2   SIMA    829 Inf 2   829 Inf
    PS4 3   shelter D   2   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PS5 1   shelter A   7   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PS5 2   shelter C   2   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PS5 3   shelter D   2   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PC1 1   control A   7   SIMA    829 Inf 2   829 Inf
    PC1 2   control C   2   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PC1 3   control D   2   SIMA    829 Inf 2   829 Inf
    PC2 1   control A   7   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PC2 2   control C   2   SIMA    829 Inf 3   829 Inf
    PC2 3   control D   2   SIMA    829 Inf 2   829 Inf
    PC3 1   control A   7   SIMA    829 Inf 2   829 Inf
    PC3 2   control C   2   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PC3 3   control D   2   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PC4 1   control A   7   SIMA    829 Inf 2   829 Inf
    PC4 2   control C   2   SIMA    829 Inf 2   829 Inf
    PC4 3   control D   2   SIMA    829 Inf 2   829 Inf
    PC5 1   control A   7   SIMA    829 Inf 2   829 Inf
    PC5 2   control C   2   SIMA    829 Inf 2   829 Inf
    PC5 3   control D   2   SIMA    829 Inf 3   829 Inf
    PW1 1   watered A   7   SIMA    829 Inf 3   829 Inf
    PW1 2   watered C   2   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PW1 3   watered D   2   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PW2 1   watered A   7   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PW2 2   watered C   2   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PW2 3   watered D   2   SIMA    829 Inf 3   829 Inf
    PW3 1   watered A   7   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PW3 2   watered C   2   SIMA    829 Inf 2   829 Inf
    PW3 3   watered D   2   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PW4 1   watered A   7   SIMA    829 Inf 2   829 Inf
    PW4 2   watered C   2   SIMA    829 Inf 3   829 Inf
    PW4 3   watered D   2   SIMA    829 Inf 2   829 Inf
    PW5 1   watered A   7   SIMA    829 Inf 3   829 Inf
    PW5 2   watered C   2   SIMA    829 Inf 0   829 Inf
    PW5 3   watered D   2   SIMA    829 Inf 0   829 Inf

UPDATE

Хорошо, согласно комментариям и дополнительному фоновому исследованию, я обнаружил, что на самом деле могу представлять данные как данные с правильной цензурой:

    Plot ID Subplot Treatment   Column  Row Species Time    Event
    PS1 1   shelter A   7   SIMA    829 0
    PS1 2   shelter C   2   SIMA    829 1
    PS1 3   shelter D   2   SIMA    829 0
    PS2 1   shelter A   7   SIMA    829 0
    PS2 2   shelter C   2   SIMA    829 0
    PS2 3   shelter D   2   SIMA    829 0
    PS3 1   shelter A   7   SIMA    829 0
    PS3 2   shelter C   2   SIMA    829 0
    PS3 3   shelter D   2   SIMA    829 0
    PS4 1   shelter A   7   SIMA    829 0
    PS4 2   shelter C   2   SIMA    535 1
    PS4 3   shelter D   2   SIMA    829 0
    PS5 1   shelter A   7   SIMA    829 0
    PS5 2   shelter C   2   SIMA    829 0
    PS5 3   shelter D   2   SIMA    829 0
    PC1 1   control A   7   SIMA    535 1
    PC1 2   control C   2   SIMA    829 0
    PC1 3   control D   2   SIMA    535 1
    PC2 1   control A   7   SIMA    829 0
    PC2 2   control C   2   SIMA    829 1
    PC2 3   control D   2   SIMA    535 1
    PC3 1   control A   7   SIMA    152 1
    PC3 2   control C   2   SIMA    829 0
    PC3 3   control D   2   SIMA    829 0
    PC4 1   control A   7   SIMA    152 1
    PC4 2   control C   2   SIMA    120 1
    PC4 3   control D   2   SIMA    120 1
    PC5 1   control A   7   SIMA    92  1
    PC5 2   control C   2   SIMA    152 1
    PC5 3   control D   2   SIMA    829 1
    PW1 1   watered A   7   SIMA    829 1
    PW1 2   watered C   2   SIMA    829 0
    PW1 3   watered D   2   SIMA    829 0
    PW2 1   watered A   7   SIMA    829 0
    PW2 2   watered C   2   SIMA    829 0
    PW2 3   watered D   2   SIMA    829 1
    PW3 1   watered A   7   SIMA    829 0
    PW3 2   watered C   2   SIMA    120 1
    PW3 3   watered D   2   SIMA    829 0
    PW4 1   watered A   7   SIMA    120 1
    PW4 2   watered C   2   SIMA    829 1
    PW4 3   watered D   2   SIMA    152 1
    PW5 1   watered A   7   SIMA    829 1
    PW5 2   watered C   2   SIMA    535 1
    PW5 3   watered D   2   SIMA    829 0

К которому я затем применил этот код:

    rsimafit <- survfit(Surv(Time, Event, type = c('right')) ~ Treatment, data = rsima)

    ggsurvplot(rsimafit, conf.int = TRUE, pval = TRUE, legend.labs=c("Control","Drought","Water+"), ggtheme = theme_bw(), legend.title = "Treatment", title ="Sidalcea malviflora", palette = c("gray47","orangered","deepskyblue"),xlim=c(0,838), ylim=c(0,1), xlab="Days Since Planting")

Я получил этот вывод:

Теперь мой самый большой вопрос - решить, какую модель лучше всего использовать: survdiff survreg или coxph

Я провел некоторые предварительные исследования, но у меня нет достаточных знаний в области статистических моделей или программирования - из того, что я могу сказать: survreg параметрический survdiff непараметрический coxph - полупараметрический (не уверен, что это значит) для тестирования нескольких процедур и их взаимодействий. Кроме того, все они выдают одинаковые значения p

Я думаю, что все они используют какой-то тип теста логарифмического ранга для сравнения с нулевой гипотезой, которая в моем случае была бы контрольной? Кроме того, я не могу понять, возможны или уместны ли в этой ситуации дополнительные парные сравнения. Любой вклад или руководство будет оценено. Я прочитал много других примеров, связанных со стековым потоком, обменом статами и перекрестной проверкой, но все еще в тупике.

Answer 1

Функция survreg() из пакета выживание подходит для моделей с параметрическим ускоренным временем отказа (AFT). Модели AFT являются аналогом простой линейной регрессии, применяемой к временам выживания (фактически логарифмическим временам выживания), и учитывают цензуру в оценке. Поскольку это параметрические модели, в действительности, когда вы их используете, вы делаете предположение о распределении времени вашего выживания.

Функция coxph() соответствует полупараметрической модели пропорциональных рисков Кокса. Это модель функции опасности, предполагающая мультипликативный эффект ковариат в шкале опасности. Эта модель не предполагает какого-либо конкретного распределения для вашего времени выживания, но она делает предположение о пропорциональных опасностях (то есть эффект ковариат в шкале опасностей постоянен во времени).

Функция survdiff() выполняет тест лог-ранга и тест Гехана-Уилкоксона (если вы установите аргумент rho в 1). Эти тесты проверяют, равны ли распределения времени выживания конкретных групп (например, мужчин и женщин). Тест лог-ранга эквивалентен тесту баллов модели Кокса, в которой вы включаете групповую переменную как ковариату.