GLTFLoader совместим с IE11, но требует, чтобы вы «заполнили» определенные функции, которые отсутствуют в IE11. На практике это означает, что вы должны включить скрипт, который добавляет функцию Promise, которую IE11 не имеет по умолчанию.
Если это не сработает, я бы посоветовал подать вопрос о проблемах github three.js, возможно, это ошибка.