Просто добавьте geom, отображающий y, в другую переменную. Ради простоты я переместил некоторые элементы эстетики в geom_boxplot.
MyPlot <- ggplot(MyData, aes(x=Month)) + geom_boxplot(aes(y=Note, fill=Treatment)
MuPlot <- MyPlot + geom_pointline(aes(y=Optimum), colour="green", stroke="black")
Это, однако, не добавит вам очков к легенде, так как ggplot2 не поддерживает несколько кодировок одного масштаба (т. Е. С использованием и обработки, и отдельной переменной для цвета).
Геом geom_pointline
из пакета "лимон".
На второй ноте попробуйте это для второй строки:
MuPlot <- MyPlot + geom_pointline(aes(y=Optimum, colour="Optimum"), stroke="black") + scale_colour_manual(values('Optimum'='green'))