Можете ли вы вставить свой fluent.conf ?. Трудно найти проблему без полной информации. Создание файлов в основном контролируется флагом временных интервалов и конфигурацией буфера.
<buffer>
@type file or memory
path /fluentd/buffer/s3
timekey_wait 1m
timekey 1m
chunk_limit_size 64m
</buffer>
time_slice_format %Y%m%d%H%M
С учетом вышеизложенного вы создаете файл каждую минуту и в течение 1 минуты, если ваш буферный предел достигнут или из-за любого другого фактора другой файл создается с индексом 1 в течение той же минуты.