Первый вопрос: почему вы сделали VACUUM FULL ? Это не имеет смысла. Его практически никогда не следует называть.
Второе: запуск вакуума с php (предположительно, веб-страницы) может быть проблематичным Вакуум легко может занять более 3 минут, что является (если я правильно помню) стандартным таймаутом для веб-запросов.
Лучшее решение - использовать автовакуум. Если вы не можете использовать autovacuum - планируйте вызовы vacudb с помощью cron.