Я обычно использую YourKit, который является отличным приложением (необходима лицензия).
В скрипт запуска / завершения работы вашего веб-сервера (catalina.sh для tomcat) вставьте:
JAVA_OPTS="-Djava.awt.headless=true -agentlib:yjpagent -Xrunyjpagent:sessionname=Tomcat"
Вам потребуется, чтобы YourKit уже был загружен и добавлен в путь к вашей библиотеке (я делаю это также в catalina.sh):
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:~/yourkit/yjp-6.0.16/bin/linux-x86-32
Затем вы можете запустить клиент YourKit на локальном рабочем столе и удаленно подключиться.