Обычно да, это будет. Но если это не работает для вас, вы можете попробовать указать абсолютный путь к flake8 и включить его явно так:
"python.linting.flake8Enabled": true,
"python.linting.flake8Path": "path/to/flake8",
вы даже можете указать путь к вашей среде conda:
"python.condaPath": "path/to/condaenv/",