Одна вещь, которую вы можете сделать, это передать значение счетчика циклов во время выполнения скрипту, указав - $ {__ P (LoopCount1,2)} в поле счетчика циклов.
Используйте переменную $ {__ P (LoopCount1,2)} для первого цикла, $ {__ P (LoopCount2,2)} для второго и $ {__ P (LoopCount3 , 2)} для третьего и попробуйте запустить скрипт в режиме без графического интерфейса с помощью команды вроде -
jmeter -n -t (location of script) -l location for result file -j location for logfile -JThreadGroup=%ThreadGroup% -JRampUpTime=%RampUpTime% -JLoopCount=%LoopCount1%
-JLoopCount=%LoopCount2% -JLoopCount=%LoopCount3%