Вы можете попробовать проверить .as файлы, сгенерированные из рабочего .mxml, определив опцию компилятора "-keep" в свойствах проекта. Тогда, по крайней мере, вы сможете увидеть, чем они отличаются от файлов .as, которые вы создали, чтобы увидеть, где что-то пойдет не так.