Какой exe вы пытаетесь установить? Доза, что поддерживает тихую установку? Если пользовательский интерфейс появляется во время установки, агент должен работать в интерактивном режиме.
Тест на моей стороне с приведенной ниже командой, чтобы установить / снять блокнот ++ с сервисным режимом, все работает как положено:
start-process -FilePath "D:\Software\npp.7.5.8.Installer.x64.exe" -ArgumentList '/S' -Verb runas -Wait
И
start-process -FilePath "C:\Program Files\Notepad++\uninstall.exe" -ArgumentList '/S' -Verb runas -Wait