Как исправить этот код Rstan / R для MCMC из модели AR (1)? - PullRequest
Новая
       78

Как исправить этот код Rstan / R для MCMC из модели AR (1)?

0 голосов
/ 13 января 2019

Я пытаюсь понять, что я делаю неправильно с моим кодом Rstan ... Обратите внимание, что данные - это просто некоторые смоделированные данные.

Я получаю следующее сообщение об ошибке при запуске ar1_stan_fit:

Ошибка в if (nchar (CXX) == 0) {: аргумент имеет нулевую длину Дополнительно: предупреждающее сообщение: В system2 (file.path (R.home (component = "bin"), "R"), args = paste ("CMD config",: запущенная команда '' /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R 'CMD config CXX14 2> / dev / null' имела статус 1 "

Есть комментарии?

Код: 

    library(rstan)
    rstan_options(auto_write = TRUE)
    options(mc.cores = parallel::detectCores())

    ar1.stan <- '
    data {
      int<lower=0> N;
      vector[N] y;
    }

    parameters {
      real mu;
      real phi;
      real<lower=0> sigma;
    } 

    model {
    // Priors
      sigma ~ normal(0, 1);
      mu ~ normal(0, 1);
      phi ~ normal(0, 1);

    // Model
      for (n in 2:N)
      y[n] ~ normal(mu + phi * y[n-1], sigma);
    }'


   AR1_1 <- ar_sim(0.3)

   data <- list(N = 200, y = AR1_1)

   ar1_stan_fit <- stan(model_code = ar1.stan, data = data)
...