Я бы хотел опубликовать обновление для этой проблемы, поскольку оно снова появилось в ОС Win7.
Если у вас возникла та же проблема в последней версии WatiN, вы можете переопределить функцию CanHandleDialog в FileUploadDialogHandler классе:
public override bool CanHandleDialog(Window window, System.IntPtr mainWindowHwnd)
{
return true;
}
Это не чистое решение, но оно простое и работает.