Проблема в том, что вы не приписали преобразованную форму объекту.
Попробуйте это:
shpfile <- spTransform(shpfile,
CRS("+proj=longlat +datum=WGS84 +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0"))
Я рекомендую вам пакет sf
, для чтения и обработки .shp
файлов, он прост в использовании и эффективен.
Надеюсь, это поможет.