Как создать проект JIRA с использованием Java API для автоматизации. ? Любые справочные документы API также очень помогают.
Существует REST API для JIRA, смотрите эту ссылку как пример
Как я вижу, они не одобряют SOAP и XML-RPC API, проверьте это updates
Также неплохой момент для чтения и поиска: JIRA 7.6.1