Во время развертывания приложения должен быть шаг bundle install. Этот шаг выполняется гемом bundler, который должен быть установлен до этого шага. Добавьте gem install bundler, чтобы установить его. Он просматривает файлы Gemfile и Gemfile.lock и устанавливает все отсутствующие зависимости. Как package.json для npm install. У Ремина должен быть Gemfile. Возможно, вам следует обратиться к их вики-сайту или связаться с ними в противном случае.
Вы также можете проверить, что Gemfile указывает правильную версию Nokogiri. Укажите это иначе.
Известно также, что Nokogiri не может быть установлен случайным образом. Вы можете попробовать добавить руководство sudo gem install nokogiri 1.8.4 после bundle install, посмотрите, поможет ли это.