Скорее всего, вы импортируете файл, который объявляет класс более одного раза. Это может быть симптомом того, что включает / требует выхода из-под контроля, поэтому вам может понадобиться просто ваша структура.
Один из альтернативных подходов - использовать автозагрузку для загрузки классов, чтобы избежать подобных проблем. Другой - использовать только include_once или require_once. Я обычно предпочитаю использовать require с простой структурой.