Да, корень документа вашего субдомена может находиться за пределами вашего каталога public_html.
Вы можете перейти к:
cPanel -> Поддомены
... там вы увидите столбец под названием «Корень документа» - это каталог, в который ваш поддомен будет «загружен» из
Вы можете изменить это на другой каталог, например, если вы поместите
/ subdomain.com
там вы создадите папку /home/$USER/subdomain.com, которая будет корневым каталогом вашего субдомена