Предполагая, что вы можете собрать flatc в своей системе разработки (или вы можете сгенерировать код где-то, что не является вашей целевой системой), фактически сборка на целевой системе включает сгенерированный заголовок и заголовки в include/flatbuffers, т.е. только для заголовков и, как таковая, не нуждается в какой-либо системе сборки для его сборки. Просто укажите сборку вашего фактического проекта, где эти заголовки (-I).