Вы можете запускать внешние инструменты из Notepad ++. Вы можете использовать что-то вроде следующей команды для компиляции одного исходного файла как исполняемого файла с использованием gcc:
cmd /K "c:\path\to\gcc.exe" "$(FULL_CURRENT_PATH)" -o "$(CURRENT_DIRECTORY)\$(NAME_PART).exe"
cmd /K
сохраняет окно команд после выполнения команды; в противном случае он выйдет сразу после того, как процесс gcc
завершит свою задачу, что бесполезно, если у вас есть ошибки сборки.