Вы можете просматривать отслеживаемые сообщения в консоли (Menubar - Window - Console).
Но так как вы сказали, что точки останова не достигнуты, я думаю, проблема в другом. Убедитесь, что вы отлаживаете, а не запускаете приложение (выберите «Отладка» в меню «Выполнить» или просто нажмите F11, находясь в соответствующем файле mxml).
Если это не помогает, и если вы используете Firefox, попробуйте удалить последний установленный вами аддон. Известно, что некоторые дополнения (включая более старые версии панели инструментов Google и Adblock Plus) блокируют подключение SWF-файлов к отладчику Flex Builder.