Используется для генерации файлов .pc:
CONFIG += create_pc create_prl no_install_prl
По greping для QMAKE_PKGCONFIG_
я нашел следующее в ~/5.12.0/clang_64/mkspecs/features/qt_module.prf
QMAKE_PKGCONFIG_DESTDIR
QMAKE_PKGCONFIG_LIBDIR
QMAKE_PKGCONFIG_INCDIR
QMAKE_PKGCONFIG_CFLAGS
QMAKE_PKGCONFIG_NAME
QMAKE_PKGCONFIG_FILE
QMAKE_PKGCONFIG_REQUIRES
QMAKE_PKGCONFIG_DESCRIPTION
QMAKE_PKGCONFIG_INSTALL_REPLACE
со страницы руководства для pkg-config:
Libs.private:
This line should list any private libraries in use.
Private libraries are libraries which are not exposed through your library,
but are needed in the case of static linking.
This differs from Requires.private in that it references
libraries that do not have package files installed.
Так что я думаю, что если вы не экспортируете их через свою библиотеку, они будут в Libs.private.