Как правильно установить представления в .vmdrc для VMD

Question

Я пытаюсь настроить представления по умолчанию при загрузке, и в настоящее время я добавил следующее в файл .vmdrc по умолчанию.

display depthcue off
color Display Background white
display projection orthographic
mol default color {index}
mol default style {CPK 1.0 12 0.3 12}
mol default selection {all}
menu main move 62 1236
menu graphics move 166 1477

Я также пробовал эту строку:

mol default style CPK

И варианты команды выбора, такие как {имя A}, так как я использую частицы типа hoomd и A, но все безрезультатно, он игнорирует стиль представления и настройки цвета независимо от того, что я делаю, но другие настройки работают просто отлично. Кто-нибудь может помочь мне понять, почему? Спасибо.

Answer 1

Это происходит из-за того, что молекула не читается в vmd при запуске (во время чтения вашего файла .vmdrc). Я подозреваю, что вы запускаете vmd из командной строки с помощью «vmd молекулы.file» вместо того, чтобы сначала открывать vmd, а затем загружать молекулу из вкладки «Файл»> «Новая молекула». Если вы сделаете это первым способом, то ваши инструкции "mol" в файле .vmdrc будут применены к несуществующей молекуле. Последний должен работать с указанными вами командами.

См. здесь , чтобы узнать, как заставить эти настройки по умолчанию работать на вас при запуске командной строки.