Это может или не может быть тем, что вы ищете (так как вы не предоставили пример ввода / вывода, с которым мы могли бы протестировать), используя GNU awk для RS с несколькими символами:
$ cat file
foo
<?php
#bVj7Gt#
line1
...
lineX
#/bVj7Gt#
?>
bar
$ awk -v RS='<[?]php\n#[[:alnum:]]{6}#.*#/[[:alnum:]]{6}#\n[?]>\n' -v ORS= '1' file
foo
bar
Сделайте это awk -i inplace -v RS=...
, если хотите выполнять редактирование на месте.