Кажется, что вам действительно нужна сеть с несколькими выходами.
Итак, поверх вашего среднего слоя, который определяет ваше вложение, добавьте слой (или больше), чтобы выполнить вашу классификацию.
Затем взгляните на Несколько выходов в Keras , чтобы создать глобальную стоимость.
Вы также можете начать с обучения только автоэндодера, затем классифицировать дополнительные слои только для того, чтобы увидеть производительность, вы также можете сбалансировать точность кодера и точность классификатора как потерю, обучая «обе» сети. в то же время.