Если этот код, который вы используете, основан на примере редактора графиков из mxgraph (https://jgraph.github.io/mxgraph/javascript/examples/grapheditor/www/index.html). Затем перейдите к файлу EditorUi.js
в функции EditorUi.prototype.save
и используйте этот код
if (this.editor.graph.isEditing())
{
this.editor.graph.stopEditing();
}
var xml = mxUtils.getXml(this.editor.getGraphXml());
var xml = mxUtils.getXml(this.editor.getGraphXml());
uriContent = "data:Application/octet-stream,"+ encodeURIComponent(xml);
newWindow = window.open(uriContent, 'neuesDokument');
После этого вы можете использовать CTRL + S в редакторе диаграмм или нажать Сохранить в опциях меню, и это должно работать нормально.