Ripleys K не правильно строит графики? - PullRequest
0 голосов
/ 07 ноября 2018

Я делаю точечный анализ с использованием пакета spatstat и запускаю Ripley K (spatstat :: Kest) на моих точках, чтобы увидеть, есть ли кластеризация. Однако, похоже, что не все линии, которые должны появиться на графике (kFem), построены. Например, красная линия (Ktrans) останавливается на отметке x = 12, а зеленая линия (Kbord) вообще не появляется. Буду признателен за любую информацию о том, как это интерпретировать, и если есть ошибка.

Kest

Вот мое учебное окно. Это неправильная форма, потому что я анализирую точечный рисунок вдоль линии разреза.

Owin

А вот график плотности моего точечного паттерна:

enter image description here

1 Ответ

0 голосов
/ 08 ноября 2018

Маловероятно (но не невозможно), что в Kest есть простая ошибка, которая вызывает это, поскольку эта конкретная функция интенсивно тестировалась многими пользователями. Скорее всего, у вас нерегулярное окно наблюдения, и существует математическая причина, по которой различные оценки не могут быть рассчитаны на всех расстояниях. Пожалуйста, добавьте график / краткое изложение вашего точечного рисунка, чтобы мы знали окно наблюдения (или даже лучше дали доступ к окну наблюдения).

Кроме того, чтобы вручную проверить оценки K-функции, вы можете преобразовать объект значения функции (fv) в data.frame и распечатать его:

dat <- as.data.frame(kFem)
head(dat, n = 10)

Обновление:

Ваше окно действительно очень нерегулярное и объяснение того, почему оно не производит некоторых исправлений на больших расстояниях. Я предполагаю, что ваш трансект всего несколько метров в ширину, и вы рассматриваете расстояния до 50 метров. Поправка на границы может быть рассчитана только для расстояний примерно до половины ширины разреза.

Использование Kest подразумевает, что вы считаете, что ваш трансект является подмножеством большого однородного точечного процесса (с одинаковой интенсивностью везде и с одинаковой корреляционной структурой во всем пространстве). Если это так, то Kest дает разумную оценку неизвестной истинной однородной K-функции. Тем не менее, вы предоставляете график, на котором вы разделили область на участки высокой, средней и низкой интенсивности, что не соответствует предположению об однородности. Отклонение от теоретической линии Пуассона может быть связано только с неоднородной интенсивностью, а не с фактической корреляцией между точками. Вероятно, вам следует учитывать только расстояния, которые намного меньше 50 (вы можете установить rmax, когда звоните Kest).

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...