Я немного поигрался и думаю, что, вероятно, это то, что я сказал в своем комментарии: 100 граней просто не вписываются в пространство, отведенное для изображения. То, что становится сжатым, это сам график, а не окружающие элементы (такие как заголовки и т. Д.). Например, вот несколько поддельных сюжетов с 50 гранями:
df<-data.frame(group=apply(expand.grid(LETTERS,LETTERS),1,paste0,collapse="")[1:50],x=runif(50),y=runif(50))
ggplot(df, aes(x,y))+geom_point() +facet_wrap(~group,ncol=2)
А вот тот же график, с тем же кодом, с высотой PNG, установленной на 10000: