Если сертификат поступил из того же источника (того же PFX), то, вероятно, запись Subject Alternative Name. Разница в том, что на одном из двух компьютеров 2.16.76.1.3.3 зарегистрировано с именем (CNPJ), а на другом нет.
CryptRegisterOIDInfo может использоваться для регистрации сопоставлений имени / значения (и других данных) для OID; предположительно, у «правильной» машины в какой-то момент вызывалось какое-то программное обеспечение для регистрации CNPJ.
Это просто проблема отображения пользовательского интерфейса (Windows CertUI использует понятные имена, когда это возможно, в противном случае - OID с точками и десятичными точками).