Да, только не выключайте эмулятор. Вы можете нажать кнопку «Стоп» в Visual Studio, внести изменения в Unity и перестроить. Ваш открытый проект должен обнаружить изменения и попросить вас перезагрузить проект. Нажмите кнопку «Воспроизвести» в VS, и ваш новый код будет перенесен на эмулятор.