ComplexHeatmap проблема со строкой аннотации - PullRequest
Новая
       11

ComplexHeatmap проблема со строкой аннотации

0 голосов
/ 15 января 2019

Я пытаюсь создать тепловую карту с помощью пакета ComplexHeatmap. Я хочу добавить текстовую аннотацию справа от тепловой карты, сразу после моих имен строк. Мне удалось добавить текст строки аннотации, но меня озадачивает название аннотации. То, что я хочу, это добавить имя (или заголовок) в верхней части моего текста аннотации. До сих пор мне удавалось сделать это, добавив название аннотации на свой график, установив: 

show_annotation_name=TRUE

в пределах 

rowannotation()

но я не могу выровнять имя аннотации в начале текстовой аннотации (в основном в начале столбца рядом с моими именами строк). Моя матрица содержит один столбец с 11 числовыми значениями. 

ht = Heatmap(df_matrix, name = "log2FC",
        show_row_names = TRUE,
        show_column_names = FALSE,
        cluster_rows =FALSE, 
        cluster_columns = FALSE,
        row_names_side = "right",
        rect_gp = gpar(col = "white", lty = 1, lwd = 1),
        width = unit(0.5, "cm"),
        heatmap_legend_param = list(title = expression("log"[2]*"FC"),
                                    title_gp = gpar(fontsize = 10),
                                    title_position = "topleft",
                                    legend_direction = "horizontal"
                                    ),
        column_title_gp = gpar(fontsize = 11, fontface = "plain")
        )

ha_row <- rowAnnotation(Annotation = row_anno_text(x = paste( df$Annotation),
                                                   just = "left", 
                                                   gp = gpar(fontsize = 11) ), 
                        show_annotation_name = TRUE,
                        annotation_name_gp = gpar(fontsize = 11, just="right"),
                        annotation_name_offset = unit(2.6, "mm"),
                        annotation_name_side = "top",
                        annotation_name_rot = c(0, 0, 0))

draw(ht + ha_row, 
     column_title = "gene ID",
     row_title = "defense related genes",
     column_title_gp = gpar(fontsize = 11, fontface = "plain"),
     row_title_gp = gpar(fontsize = 11, fontface = "plain"),
     heatmap_legend_side = "bottom"
     )

Не могли бы вы помочь мне с этим? заранее спасибо Vassen

...