imshow(..., origin='lower')
устанавливает начало координат внизу слева. Обратите внимание, что изображения обычно начинаются сверху, поэтому, если вам нужно что-то более похожее на график xy, источник должен быть задан явно.
Тики имеют ось, которая идет 0,1,2 для центров «пикселей». Если вы хотите пометить края между «пикселями», вы можете использовать позиции -0,5, 0,5, 1,5, ...
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
dlon = np.array([4.90148783, 4.91438189, 4.92727594, 4.94017, 4.95306406, 4.96595812]) # longitudes
dlat = np.array([51.81923676, 51.82162018, 51.8240036, 51.82638702, 51.82877045, 51.83115387]) # latitudes
count = np.array([[10., 16., 16., 0., 5.],
[0., 0., 0., 5., 0.],
[0., 0., 0., 0., 2.],
[0., 0., 0., 2., 0.],
[12., 0., 6., 13., 13.]]) # number of times a variable is within the gridcell
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111)
# Show all ticks...
ax.set_xticks(np.arange(len(dlon)) - 0.5)
ax.set_yticks(np.arange(len(dlat)) - 0.5)
# .Label them with the respective entries
ax.set_xticklabels(np.around(dlon, decimals=4))
ax.set_yticklabels(np.around(dlat, decimals=4))
im = ax.imshow(count, origin='lower', cmap='plasma')
cbar = fig.colorbar(im)
for i in np.arange(np.shape(count)[0]): # over all rows of count
for j in np.arange(np.shape(count)[1]): # over all cols of count
text = ax.text(j, i, int(count[i, j]), ha="center", va="center", color="w")
ax.set_title("Counts in bins")
plt.show()