вы можете определить системную переменную при запуске tomcat. и получить к нему доступ из вашей библиотеки.
например внутри вашего catalina.bat (на окнах) /setenv.sh (linux)
окна
set JAVA_OPTS=%JAVA_OPTS% -Dconfig.path=%CATALINA_HOME%/{path to conf file}
Linux
JAVA_OPTS="$JAVA_OPTS -Dconfig.path=$CATALINA_HOME/{path to conf file}"
затем получите доступ к нему из своего кода
System.getProperty("config.path")