Резервное копирование базы данных не должно работать иначе, потому что SQL Server работает в контейнере. То есть выдача backup database [yourDB] to disk = '«some file path»';
будет работать. Теперь то, является ли этот путь к файлу внутренним по отношению к контейнеру или внешним (то есть вы используете постоянный том), зависит от того, как вы запустили экземпляр докера.