В зависимости от того, что вы подразумеваете под «прервать»:
Вы можете использовать <xsl:message>
примерно так:
<xsl:if test="HeaderInformation/InvoiceType='CreditNote'">
<xsl:message terminate="yes"/>
</xsl:if>
Это завершится с ошибкой.
Если вы просто не хотите ошибки, вы также можете сделать что-то вроде этого:
<xsl:template match="/">
<xsl:if test="SALESINVOICE[not(Interchange/HeaderInformation/InvoiceType='CreditNote')]">
<!-- Here goes your XSLT code -->
<xsl:apply-templates/>
</xsl:if>
</xsl:template>
Будет выведен пустой документ, если найден <InvoiceType>
со значением CreditNote
.