Да, это возможно ... на странице настроек средства форматирования кода (preferences > pydev > editor > code style > code formatter), сделайте выбор, как хотите, и нажмите save to... и выберите, для каких проектов следует сохранить эту конфигурацию.
Примечание: в project/.settings будет создан файл, который вы можете зафиксировать в git, чтобы он надлежащим образом использовался при извлечении проекта (обратите внимание, что существуют другие настройки, которые вы также можете сохранить в проекте, которые могут быть интересно - например, save actions иметь файлы, отформатированные при сохранении).