Кодирование Base64 просто берет биты, составляющие то, что вы кодируете, в данном случае ваши изображения, и переводит их в строку, состоящую из 64-символьного алфавита.
То, что вы пытаетесь сделать, на самом деле ничем не отличается от объединения оригинальных битов изображений в один битовый поток и сохранения его в файл.Результатом будет недопустимое изображение из-за форматов файлов изображений, содержащих данные заголовка и тому подобное.
В довершение всего, base64 добавит дополнительные символы в конец строки, если исходные данные не находятся вполные порции по 24 бита.
Вот хороший пример кодирования base64 и его работы
Чтобы выполнить то, что вы пытаетесь сделать, вы можете просто использоватьредактор изображений, который объединяет изображения и затем кодирует их с помощью base64.
Если вы хотите сделать это программно, вы можете написать простой веб-сервис, который берет ваши 2 отдельных изображения в кодировке base64 и затем объединяет их вместе в сервисе.и затем вернуть закодированную в base64 строку нового изображения.