За исключением размещения файла в Интернете, я не знаю ни одного встроенного способа защиты файла FLV. Я думаю, что должны быть какие-то коммерческие решения, или вы могли бы попытаться зашифровать их самостоятельно, но я думаю, что это слишком усложнит ваше приложение.
Лучший способ подумать, даже если он немного «грязный», - встроить файл в приложение AIR.