Мне пришлось использовать смещение. Я решил это таким образом. Я автоматически добавлю соответствующий временной интервал в соответствии с разницей между видео и аудио. Я буду использовать для этого язык программирования.
ffmpeg -i finalsound.flv -itsoffset 00:00:44 -i finalvideo.flv -c copy final.flv
Спасибо.