R. примените многочленный тест к списку фреймов данных - PullRequest
Новая
       7

R. примените многочленный тест к списку фреймов данных

0 голосов
/ 10 ноября 2018

У меня есть фрейм данных A, который я разбил на список из 100 фреймов данных, каждый из которых имеет 3 строки (в моих реальных данных каждый фрейм данных имеет 500 строк). Здесь я показываю A с 2 элементами списка (row1-row3; row4-row6): 

A <- data.frame(n = c(0, 1, 2, 0, 1, 2),
                prob = c(0.4, 0.5, 0.1, 0.4, 0.5, 0.1),
                count = c(24878, 33605, 12100 , 25899, 34777, 13765))

# This is the list:
nest <- split(A, rep(1:2, each = 3))

Я хочу применить полиномиальный тест к каждому из этих фреймов данных и извлечь p-значение каждого теста. Пока я сделал это: 

library(EMT)

fun <- function(x){
  multinomial.test(x$count,
                   prob=x$prob,
                   useChisq = FALSE, MonteCarlo = TRUE,
                   ntrial = 100, # n of withdrawals accomplished
                   atOnce=100)
}

lapply(nest, fun)

Однако я получаю: 

 "Error in multinomial.test(x$counts_set, prob = x$norm_genome, useChisq = F,  : 
   Observations have to be stored in a vector, e.g.  'observed <- c(5,2,1)'"

У кого-нибудь есть более умный способ сделать это?

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 10 ноября 2018

Решение с dplyr. 

A = data.frame(n = c(0,1,2,0,1,2),
               prob = c(0.4, 0.5, 0.1, 0.4, 0.5, 0.1),
               count = c(43, 42, 9, 74, 82, 9))

library(dplyr)
nest <- A %>%
  mutate(pattern = rep(1:2,each=3)) %>%
  group_by(pattern) %>%
  dplyr::summarize(mn_pvals = multinomial.test(count, prob)$p.value)
nest
0 голосов
/ 10 ноября 2018

Результаты split создаются с именами 1, 2 и так далее. Вот почему x$count в fun не может получить к нему доступ. Чтобы упростить его, вы можете объединить разделенные элементы с помощью функции list, а затем использовать lapply: 

n <- c(0,1,2,0,1,2)
prob <- c(0.4, 0.5, 0.1, 0.4, 0.5, 0.1)
count <- c(24878, 33605, 12100 , 25899, 34777, 13765)
A <- cbind.data.frame(n, prob, count)

nest = split(A,rep(1:2,each=3))

fun <- function(x){
  multinomial.test(x$count,
                   prob=x$prob,
                   useChisq = F, MonteCarlo = TRUE,
                   ntrial = 100, # n of withdrawals accomplished
                   atOnce=100)
}

# Create a list of splitted elements
new_list <- list(nest$`1`, nest$`2`)

lapply(new_list, fun)
...