Сотрудник указал мне на решение, ключом которого было удалить направляющие, чтобы для легенды использовался только один из определенных мной стилей.
guides(size = FALSE)+
guides(alpha = FALSE)+
guides(linetype = FALSE)+
Он объяснил это тем, что R не признает, что вектор факторов, определяющих свойства графика, обязательно связан. В результате он генерирует несколько легенд, когда требуется только одна.
library(ggplot2)
temp_df<-data.frame(year=integer(50),value=numeric(50),case=character(50))
temp_df$year<-1:50
temp_df$value<-runif(50)
temp_df$case<-"A"
df<-temp_df
temp_df$value<-runif(50)
temp_df$case<-"B"
df<-rbind(df,temp_df)
LineTypes<-c("solid","dotted")
colors<-c("red","black")
linealphas<-c(1,.8)
linesizes<-c(1,2)
Plot<-ggplot(df,aes(x=year,y=value,group=case))+
geom_line(aes(linetype=case, color=case, size=case, alpha =case))+
scale_linetype_manual(values=LineTypes)+
scale_color_manual(values=colors)+
scale_y_continuous(limits=c(0,1),labels = scales::percent)+
scale_alpha_manual(values=linealphas)+
scale_size_manual(values=linesizes)+
xlab("Year")+
ylab("Percentage%")+
labs(color = "Scenario")+
guides(size = FALSE)+
guides(alpha = FALSE)+
guides(linetype = FALSE)+
theme_minimal()
Plot