Как использовать OpenBlas Lapacke вместе с Rcpp - PullRequest
Новая
       36

Как использовать OpenBlas Lapacke вместе с Rcpp

0 голосов
/ 10 ноября 2018

У меня есть некоторый код на C ++, использующий версию Lapacke, которая поставляется с OpenBlas. Я хотел бы включить этот код в пакет R и передавать данные между этой функцией и R, используя пакет Rcpp. Но почему-то эти двое не похожи друг на друга. Как только у меня есть #include <lapacke.h> и #include <Rcpp.h> в одном исходном файле, он больше не компилируется. Оба по отдельности работают нормально. Есть целая куча сообщений об ошибках, которые, насколько я могу судить, говорят, что Rcpp не работает (например, /home/Alex/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/Rcpp/include/Rcpp/traits/traits.h:32:15: error: expected ‘)’ before ‘__extension__’).

Понятия не имею, почему это происходит. Есть ли способ использовать оба одновременно? Или я должен сделать что-то совершенно другое?

Вот минимальный пример, который дает мне ошибку:

  1. Я создал пакет, используя 

    Rcpp::Rcpp.package.skeleton("LT", example_code = FALSE)

  2. Я добавил .cpp файл в /src, содержащий 

    #include <lapacke.h>
#include <Rcpp.h>

int test_LAPACK(){
  return(1);
}

  3. Я добавил файл Makvars в /src, содержащий 

    PKG_CXXFLAGS = -I/opt/OpenBLAS/include
PKG_LIBS =  -L/opt/OpenBLAS/lib -lopenblas -lpthread -lgfortran
CXX_STD = CXX11

  4. Скомпилируйте и установите 

    Rcpp::compileAttributes("LT")
devtools::install("LT")

1 Ответ

0 голосов
/ 10 ноября 2018

На самом деле он работает в моей системе, следуя стандарту sudo apt install liblapacke-dev , при условии, что я также изменяю порядок включения .

Свидетель:

Источник 

rob:/tmp/lapacke/LT$ cat src/lt.cpp 
#include <Rcpp.h>
#include <lapacke.h>

int test_LAPACK(){
          return(1);
}
rob:/tmp/lapacke/LT$ ls src/      ## no Makevars needed
lt.cpp
rob:/tmp/lapacke/LT$

Сборка 

rob:/tmp/lapacke/LT$ build.r 
* checking for file ‘./DESCRIPTION’ ... OK
* preparing ‘LT’:
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* cleaning src
* installing the package to process help pages
* saving partial Rd database
* cleaning src
* checking for LF line-endings in source and make files and shell scripts
* checking for empty or unneeded directories
Removed empty directory ‘LT/R’
* building ‘LT_1.0.tar.gz’

rob:/tmp/lapacke/LT$

Установка 

rob:/tmp/lapacke/LT$ install.r LT_1.0.tar.gz 
* installing *source* package ‘LT’ ...
** libs
ccache g++ -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG  -I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include"    -fpic  -g -O3 -Wall -pipe   -march=native -c lt.cpp -o lt.o
ccache g++ -Wl,-S -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o LT.so lt.o -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /usr/local/lib/R/site-library/LT/libs
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (LT)
rob:/tmp/lapacke/LT$

Выполнение

(После того, как я добавил строку // [[Rcpp::export]], запустил compileAtttributes(), перестроил и установил.) 

rob:/tmp/lapacke/LT$ r -lLT -p -e'test_LAPACK()'
[1] 1
rob:/tmp/lapacke/LT$

Сводка

Проверьте свой компилятор.Нет фундаментальной причины, по которой это не должно работать, и это работает здесь (Ubuntu 18.04).

...